Οι πιο δύσκολες, στην διάγνωση κλινικής εικόνας επιληψιών, είναι αυτές που προέρχονται από διαταραχές του αυτόνομου νευρικού συστήματος. Το σύστημα αυτό απλώνεται σε όλο το σώμα και μπορεί θεωρητικά να δημιουργήσει επιληπτικές κρίσεις από κάθε όργανο για παράδειγμα στομάχι, έντερο, καρδιά, κύστη, αγγεία. Οι επιληπτικές κρίσεις του αυτόνομου νευρικού είναι χαρακτηριστικές μεν, αλλά πολύπλοκες. Χρειάζεται για την διάγνωσή της ιδιαίτερη γνώση και σταθερά ένας κανόνας. Όπου και όπως να εκδηλώνονται αυτές, πρέπει πάντα να εξετάζεται η εγκεφαλική λειτουργία κυρίως με το ηλεκτροεγκεγαλογράφημα (ΗΕΓ), ακόμα και αν είναι «φανερό» ότι ο εγκέφαλος δεν έχει συμμετοχή.
